Pilates denilince akla gelen ilk isim: Joseph H. Pilates. I. Dünya Savaşı yılları çok fazla insanın ölümüne ve yaralanmasına sebep olunca Joseph Pilates, ağır yaralıların çok hızlı bir şekilde toparlanması konusunda klinik pilatesi geliştirmiştir. Pilates’in bu girişiminden sonra 2000’li yılların başında Avustralya’da fizyoterapistler tarafından Pilates Enstitüsü kurulmuş ve pilates egzersizleri kliniğe uyumlu hâle getirilmiştir. Pilates, multidisipliner bir branştır. Bu bağlamda klinik pilates diğer pilates türlerinden ayrılmaktadır. Bunun nedeni klinik pilates, insanların kişisel tercihlerinden ziyâde doktor tavsiyeleri ile yapılan ve fizyoterapistlerin gözetimi altında yapılan bir pilates türüdür.

Klinik pilates, kas-iskelet sistemi ile alakalı olumsuz etkilerden kaynaklanan hastalıkların (skolyoz, kifoz, bel ve boyun fıtığı,  kas spazmı, menisküs, çapraz bağ yaralanması sonucu ortaya çıkan bel, kalça ve diz ağrıları, kas yaralanması, donuk omuz ve fibromiyalji) iyileşme sürecini hızlandırır ve kas ağrılarını ciddi derecede azaltır.